Extinción taína y esclavitud africana

En 1501, los monarcas españoles, Fernando e Isabel, concedieron el primer permiso a los colonizadores del Caribe para importar esclavos africanos, los cuales comenzaron a llegar a la isla en 1503. Estos africanos han tenido la influencia racial más dominante, y su rica y antigua cultura ha tenido una secundaria influencia sobre el carácter cultural de la moderna República Dominicana. En 1510, la primera gran expedición, que consistió en 250 negros ladinos, llegó a La Española desde España. Ocho años más tarde los esclavos de origen africano llegaron a las Indias Occidentales. La caña de azúcar fue introducida a La Española desde las Islas Canarias, y el primer ingenio azucarero en el Nuevo Mundo fue establecido en 1516, en La Española. La necesidad de una mano de obra para satisfacer la creciente demanda del cultivo de la caña de azúcar condujo a un exponencial aumento de la importación de esclavos en las dos décadas siguientes. Los dueños de los molinos de azúcar pronto formaron una nueva élite colonial, convencieron al rey de España para que pudieran elegir a los miembros de la Real Audiencia de entre sus filas. Los colonos más pobres subsistían de la caza y las manadas de ganado salvaje que vagaban por toda la isla y de la venta de sus pieles.

La primera revuelta importante de esclavos en América ocurrió en Santo Domingo en 1522, cuando los musulmanes esclavizados de la nación wolof encabezaron un levantamiento en la plantación de azúcar del almirante don Diego Colón, hijo de Cristóbal Colón. Muchos de estos insurgentes lograron escapar a las montañas donde formaron comunidades cimarronas.

Si bien la caña de azúcar aumentó dramáticamente los ingresos de España en la isla, un gran número de los esclavos recién importados huyeron a las casi intransitables montañas en el interior de la isla, uniéndose a las crecientes comunidades de cimarrones, literalmente, "animales salvajes". En la década de 1530, las bandas cimarronas se habían vuelto tan numerosas que en las zonas rurales, los españoles solo podían viajar con seguridad fuera de sus plantaciones en grandes grupos armados. En la década de 1540, el mar Caribe había sido invadido por los piratas ingleses, franceses y holandeses. En 1541 España autorizó la construcción de la muralla de Santo Domingo, y decidió restringir los viajes por mar a los convoyes armados. Otra medida, la cual destruiría la industria azucarera de La Española, en 1561 La Habana, más estratégicamente ubicada en relación con la corriente del Golfo, fue seleccionada como el punto de detención destinados a las flotas mercantes, las cuales tenían un monopolio real sobre el comercio con las Américas. En 1564, las ciudades principales del interior de la isla Santiago de los Caballeros y Concepción de La Vega fueron destruidas por un terremoto.