Restauración

Esta medida fue rechazada ampliamente y el 16 de agosto de 1863, se inició una guerra nacional de restauración enSantiago, donde los rebeldes establecieron un gobierno provisional. Las tropas españolas volvieron a ocupar la ciudad, pero los rebeldes huyeron a las montañas a lo largo de la mal definida frontera con Haití. El presidente haitiano, Fabre Geffrard le proporcionó asilo y armas a los rebeldes dominicanos, enviando un destacamento de sus guardias presidenciales (los Tirailleur) para luchar junto a ellos. Santana inicialmente fue nombrado Capitán General de la nueva provincia española, pero pronto se hizo evidente que las autoridades españolas planeaban privarle de su poder, llevándolo a dimitir en 1862. Condenado a muerte por el gobierno provisional, Santana murió en circunstancias misteriosas en 1864, y se cree que se suicidó. Las restricciones sobre el comercio, la discriminación contra la mayoría de mulatos, los rumores de que España tenía la intención de volver a imponer la esclavitud, y una campaña impopular por el nuevo arzobispo español contra uniones extramatrimoniales, se extendieron después de décadas de abandono por parte de la Iglesia Católica, todos los resentimientos alimentados de la dominación española. Limitados a las grandes ciudades, el ejército español fue incapaz de derrotar la guerrilla o contener la insurrección, y sufrió fuertes pérdidas debido a la fiebre amarilla. Las autoridades coloniales españolas alentaron a la reina Isabel II a abandonar la isla, ya que veían la ocupación como una pérdida sin sentido de tropas y dinero.

Sin embargo, los rebeldes se encontraban en un estado de desorden político, y fueron incapaces de presentar un conjunto coherente de demandas. El primer presidente del gobierno provisional, José Antonio Salcedo (aliado con Báez) fue depuesto por el general Gaspar Polanco, en septiembre de 1864, que, a su vez, fue depuesto por el general Antonio Pimentel tres meses después. Los rebeldes formalizaron su gobierno provisional por parte de la celebración de una convención nacional en febrero de 1865, que promulgó una nueva constitución, pero el nuevo gobierno ejerció poca autoridad sobre los caudillos guerrilleros de las distintas regiones, que fueron en gran medida independientes unos de otros. Incapaz de extraer concesiones de los rebeldes desorganizados, cuando la Guerra Civil Estadounidense terminó en marzo de 1865, la reina Isabel II anuló la anexión y la independencia fue restaurada, con las últimas tropas españolas saliendo antes de julio.